Во 2007 година Универзитетот „Гоце Делчев“ - Штип започна со седум факултети и една висока школа, во студиската 2008/2009 година во состав на Универзитетот влегоа уште шест нови факултети, во 2014/2015 година еден факултет премина во академија и се отворија две нови академии. Денес Универзитетот „Гоце Делчев“ – Штип интегрира 15 единици, од кои 12 факултети и 3 академии, со повеќе од 100 студиски програми во трите циклуси на студии.